Nejlepší způsob defragmentace je ten, který se už půl století používá v unixových systémech - zazálohování obsahu celého disku, jeho úplné smazání, a pak nakopírování všech souborů zpátky. Výhoda je kromě jiného v tom, že se tak automaticky tvoří i zálohy všech dat.

Dělám to podobně jak píše faraon, mám v PC 2TB disky+záložní bokem a pokud je u některého vysoká fragmentace, tak data překopíruji na záložní který se pak dál používá v PC a ten co byl v PC jde na místo záložního. Jako bonus, takto se dají odhalit umírající disky protože v domácích podmínkách není na disku tolik přepisů a disk je i tišší protože hlava neskáče z místa na místo.

A pokud chci, s prg. deflaggler se dají defragmentovat i jednotlivé složky a soubory.