Možná by stálo za to zkusit to jinak než s Adobe, přece jen je to příliš uzavřená firma. Rád bych viděl to PDFko, jeslti se to třeba nepodaří vytáhnout mě.
Na Ubuntu mi Prohlížeč dokumentů při označení části textu přestane diakritiku ukazovat, ze začátku mě to mátlo, ale po zkopírování to editoru tam zase byla. Funguje to, dál jsem to neřešil

Novější verze OpenOffice by snad měly umět PDF editovat, možná by stálo za to to zkusit okopírovat z nich.
Problém by mohl nastat, jestli to PDFko bylo vytvořené v
LaTeXu, tam se diakritika dá nastavit odděleně od samotných písmen, a pak by asi jediná možnost byla
OCR. Buď vyexportovat to do obrázků a sjet automaticky, nebo přes screenshoty obrazovky, ale to maximálně pro pár stránek.
A ty řádky si stejně nakonec budeš muset upravit ručně, to za tebe žádný program neudělá. V PDF to máš nastavené napevno, tak jak to bude vypadat vytisknuté, takže jestli to chceš jinak...