O žádném takovém programu nevím, ale proč to prostě a jednoduše neuděláš kupříkladu přes Total Commander? Tak se mi to zdá nejjednodušší - buď přes vyhledávání (zvolení daného typu souborů v požadovaném umístění) a nebo si otevři složku (disk), v kterém máš dané neroztříděné soubory a poté použij zkratku
Ctrl +
B Ta ti zobrazí veškeré soubory ze složek a podložek a pokud si je potom seřadíš dle přípony, tak lehce a elegantně vyřešíš daný úkol...

Takhle bych to udělal já...