U mě na Linuxu by stačilo prosté smazání, ale já jsem zvyklý na operační systém, který se obvykle chová tak jak očekávám

Windows mají různá "zkvalitnění", takže tam si to netroufám říct s jistotou. Musel bys vymazat úplně všechno z celého disku, a i tak na něm zbude spousta záznamů, pro tebe neviditelných. Asi bych dal přednost tomu formátování, i když po něm tam stále ještě zůstane spousta původních informací, které mohou ukládání nových dat ovlivnit...
Ale -!- jsi si jistý že tak dokonalou defragmentaci opravdu potřebuješ? Řekl bych, že pokud se celková fragmentace velkých souborů pohybuje v jednotkách procent, nebude to mít na činnost počítače znatelný vliv.
A pozor, nezapomeň ty zálohy důkladně verifikovat dřív, než začneš původní data mazat!!!