Je to v podstatě jedno, USB je o malinko rychlejší, ale disk nevyužije naplno rychlost ani jednoho. Jestli máš dostatek USB portů, připoj ho přes USB, jestli chceš USB ušetřit, použij FireWire.
Jestli toho máš na jednom hubu navěšenýho víc, ke zpomalení dojít určitě může. Pak nebude nic snažšího, než prográmkem HD Tach proměřit výkon jak na USB, tak na FireWire a zjistit co bude lepší