Co třeba? všechno osobní nastavení je v domovském adresáři. Systémové v /etc, případně i něco ve /var (není tak důležité) a musíš mít k tomu potřebná práva.
Z domovského adresáře to stačí jen zkopírovat jinam (soubory které, se nepovede zkopírovat, budou nejspíše roury, nejsou pro zálohu potřeba).
U systémových už je potřeba zálohovat se zachováním práv, je to složitější, zvlášť pro začátečníka (ale oni nejsou pro tyto účela tak důležité).
instalovaný programy
máš pravdu, musel by je instalovat znovu, problém by byl jen u nějakých uzavřených programech, které byly zkompilovány jen pro tu současnou verzi a k nové zatím nejsou dostupné.
U balíčků z repozitářů pro konkrétní verzi, není problém je doinstalovat.
Nastavovat by už je ale nebylo potřeba. pokud by nakopíroval jejich nastavení do dom. adresáře.