Určitě na to bude nějaká funkce, dost možná v tom <windows.h>, ale tady na Linuxu jí nemám, takže to nevyzkouším. Musel bys trochu víc googlit

Mohl bys také zkusit jestli tam nemáš
<sys/stat.h> (možná místo
/ budeš muset dát
\), v ní je funkce
chmod() která přímo mění atributy souborů, ale netuším jak by se to u tebe dalo provádět. Já to mám jednodušší, u mě jsou skryté soubory ty, kterých název začíná tečkou
Poslední možnost je odporná prasárna, ale mělo by to fungovat, a bohužel se to používá i na některých (podle mě špatných) školách při výuce:
system("attrib +h cesta\jmenosouboru");Tím spustíš CMD a předáš mu příkaz který má provést, takže je to to samé jako bys to udělal sám v příkazové řádce. Sežere to pár megabajtů paměti a hromadu výkonu procesoru, nemluvě o dlouhém načítání z disku, zatímco ta vestavěná funkce je na pár bajtů a přímé volání jádra...
P.S. Tak možná by ti pomohlo
_chmod():
http://msdn.microsoft.com/en-us/library/1z319a54.aspx